到1780年，哈佛學(xué)院已先后建立了神學(xué)、數(shù)學(xué)和自然哲學(xué)、醫(yī)學(xué)等教授講座，學(xué)院升格為大學(xué)。按照歐洲中世紀大學(xué)的傳統(tǒng)，必須擁有3個學(xué)院的聯(lián)合體，才夠格稱為大學(xué)，當時馬薩諸塞州議會竟破格承認哈佛學(xué)院升格為大學(xué)，這既是厚愛，也是鞭策。哈佛大學(xué)繼續(xù)抓緊自身建設(shè)，1816年設(shè)立了神學(xué)院，1817年設(shè)立了法學(xué)院，加上原有的以文理為主科的哈佛學(xué)院，一共有了3個學(xué)院，成為名副其實、名正言順的大學(xué)了。19世紀上半葉，哈佛大學(xué)的影響已超出馬薩諸塞之外，及于美國中部和南部。

在北美獨立戰(zhàn)爭初年，哈佛學(xué)院的基金，連同地產(chǎn)的租金在內(nèi)，不足1700英鎊。戰(zhàn)后的1793年，哈佛的基金已超過18.2萬美元。到了19世紀,由于校友的贊助，哈佛大學(xué)的基金穩(wěn)步上升，1800年為24.2萬美元，1869年為225萬美元。

在此期間，哈佛大學(xué)的課程設(shè)置有了較大的變化。1790年，哈佛大學(xué)開設(shè)了拉丁文、希臘文、數(shù)學(xué)（包括天文學(xué)）、英文寫作、哲學(xué)（包括形而上學(xué)、道德和政治）、神學(xué)、自然科學(xué)，希伯來語和法語兩科由學(xué)生任選一科。哈佛大學(xué)課程的變化，在很大程度上是由于受德國高等教育改革的影響。在此時期，德國著名教育家威廉?洪堡關(guān)于大學(xué)教育改革提出了著名的三條原則：獨立性；自由與合作二者統(tǒng)一的原則；教育與研究統(tǒng)一的原則和科學(xué)統(tǒng)一的原則。洪堡不僅提出了大學(xué)改革的理想，并在他倡辦的柏林大學(xué)中付諸實踐，提倡學(xué)術(shù)自由，教育與科研相結(jié)合，柏林大學(xué)成為德國新型大學(xué)的榜樣。在哈佛大學(xué)任教的一些青年教授，曾經(jīng)留學(xué)德國，受到德國大學(xué)的影響，他們要求改變英國大學(xué)的模式，轉(zhuǎn)而以德為師，效法德國大學(xué)的一套制度。1825年，有4位青年教授聯(lián)名提出4項改革意見：減少古典文學(xué)課程的比重；重視對現(xiàn)代外國文學(xué)的研究；設(shè)立研究生的學(xué)位制度；按照學(xué)生的能力分班教學(xué)。這4項意見當時未被采納。

1829年，昆西（J?Quincy）出任哈佛大學(xué)校長，他大刀闊斧，極力扭轉(zhuǎn)哈佛大學(xué)的方向，大力倡導(dǎo)重視理科的教學(xué)。他任職16年（1829~1845年），在哈佛大學(xué)辦起了理學(xué)院，建立了一座天文臺。18世紀和19世紀，隨著哈佛大學(xué)的發(fā)展，學(xué)校課程內(nèi)容范圍擴大了，重點轉(zhuǎn)換了，自然科學(xué)受到了極大重視。

1869~1909年，化學(xué)家埃利奧特（Charles.William Eliot）擔任哈佛大學(xué)校長，他任職40年，把哈佛大學(xué)建設(shè)成為了一座規(guī)模宏大的現(xiàn)代化大學(xué)。他使法學(xué)院、醫(yī)學(xué)院獲得了新的活力，并且新建了商業(yè)管理學(xué)院、牙醫(yī)學(xué)院、文理學(xué)院，注冊學(xué)生從1000人上升到3000人，教學(xué)人員從49名增加到278名，學(xué)?；饛?300萬美元增加到2.25億美元。

1909~1933年，洛厄爾（Abbott Lwrence Lowell）擔任哈佛大學(xué)校長，他重新制定了大學(xué)本科生課程計劃，實行課程的集中與分配相結(jié)合的制度，以便使學(xué)生受到良好的基礎(chǔ)教育。洛厄爾實行的導(dǎo)師制，至今仍被哈佛大學(xué)沿用。洛厄爾最突出的貢獻是在哈佛大學(xué)實行住宿制度，這一制度的實施使得在大型的綜合大學(xué)中，本科生都有一個小型的學(xué)院環(huán)境，新生入學(xué)后的第一年住在哈佛校園內(nèi)或附近的宿舍中，一年以后，學(xué)生們分住在12幢宿舍樓內(nèi)，還為少數(shù)走讀生設(shè)置了第13幢宿舍樓。每幢宿舍樓內(nèi)有一位住校教師和一個導(dǎo)師組，指導(dǎo)學(xué)生的學(xué)習和生活。此外，每幢宿舍樓還設(shè)有餐廳、圖書館，在宿舍樓區(qū)，經(jīng)常開展各種有趣的體育、社會和文化活動。而且洛厄爾以身抗擊，保衛(wèi)哈佛教授穆斯特伯格與拉斯基，導(dǎo)致了這兩位教授安在。