京都帝國大學建立于1897年，當時只設立了理工分科大學。在隨后的幾年中相繼設立了法，醫(yī)，文等分科大學以及附屬醫(yī)院和附屬圖書館，這樣學校初具規(guī)模。1919年分科大學改稱為學部。1947年由于新法的頒布，京都帝國大學被命名為京都大學。自那以后新的學部，大學院，研究中心相繼成立?，F(xiàn)在京都大學擁有文學，教育學，法學，經濟學，理學，醫(yī)學，藥學，工學，農學，人間環(huán)境學，能源科學，亞非地區(qū)研究，情報學，生命科學，地球環(huán)境學堂學舍共15個大學院，綜合人間，文學，教育學，法學，經濟學，理學，醫(yī)學，藥學，工學，農學共10個學部，以及30多個研究所和研究中心。在過去的幾年中，京都大學為了適應新世紀的需要，解決不斷出現(xiàn)的新問題，把更多的重點放在大學院教育和研究上，并設立了新的大學院。

在其悠久的歷史中，京都大學大力發(fā)展人文，社會以及自然科學。信息技術和電氣工程實際應用方面的創(chuàng)造性研究也已啟動，在生物技術和能源科學等方面的先端應用研究也成果不斷，并確保了研究成果回報社會。

京都大學的主校區(qū)臨近京都市中心。學部和先進的實驗室位于有百年歷史的紅磚房里。自然科學和能源研究機構位于離主校區(qū)大約12公里的宇治校區(qū)。桂校區(qū)位于離主校區(qū)7公里遠的西部，于2003年10月開始建立。這個新校區(qū)由4個建筑群組成，旨在把技術和科學融合在一起，形成一個“科技園區(qū)”。現(xiàn)在工學研究科和情報學研究科正初步遷往桂校區(qū)。

京都大學的辦學理念為“自勵自學”，重視課堂上的獨特思考。學生可以自由地跨學科根據(jù)自己的興趣選課。少人數(shù)制的討論會向學生們開放以激發(fā)他們對某一學科的興趣，不管他們所屬什么學部。期待通過討論會獲得的知識能拓寬他們的視野，深化他們的思維。同時為了幫助學生提高在當今全球化的潮流中處于不敗之地所必需的語言能力以及信息獲得能力，學校也在努力強化完善這些方面的學科課程建設。此外，京都大學還提供實時遠程教育，和加州大學合作舉辦了名為“跨越太平洋遠程互動教育計劃”（TIDE）。

京都大學是一所以研究為中心的大學，共有5名諾貝爾獎獲得者，并在各個領域涌現(xiàn)了許多一流的研究者。在哲學方面，“京都學派”尤為著名。在其它領域也取得了許多先端性，開拓性的成果。在21世紀面臨的全球環(huán)境問題方面大量的調查研究正在進行，在許多重要領域正在不斷取得進步。

京都大學還致力于能源，食品以及和生命，福利有關問題的研究。為了找到解決這些問題的辦法，現(xiàn)有的研究部門和地球環(huán)境學堂在共同努力。在自然災害領域，大學院的相關研究部門，研究所和研究中心在密切合作全力開拓國際合作研究項目來保護人類的生命和財產。京都大學已在海外建立了據(jù)點從事傳統(tǒng)上的現(xiàn)地調查研究。東南亞研究所已經在泰國曼谷和印度尼西亞雅加達設立了聯(lián)絡處。曼谷聯(lián)絡處設立于1963年，已發(fā)展成為一個大型的研究基地，覆蓋了整個泰國和周邊國家。雅加達聯(lián)絡處設立于1973年，不僅是一個信息收集中心，而且成為來自兩國學者的共同研究基地，并為印度尼西亞的研究者和學生提供了來日本（京都）深造的機會。

2002年12月，在經濟學研究科內設立了上海研究中心。2003年1月，在復旦大學內設立了分所。中心的主要作用就是對當前的中國以及中國和東亞經濟圈的關系進行研究。京都大學和復旦大學還有教師學生互訪項目。此外在下列領域培訓高級專家的教育項目已經啟動。比如，舉辦有關中國和日本經濟管理體制的講座。京都大學的先端研究獲得了國內外的高度評價。COE（Center of Excellence）研究計劃，情報，能源學研究科，高新能源研究所等的海外研究機構相繼在美國硅谷，泰國曼谷，中國北京等地設立了連鎖研究機構。此外，生存圈研究所和生態(tài)學研究中心在泰國，馬來西亞，和印度尼西亞設立了實驗室和現(xiàn)地觀察站進行研究調查。

京都大學在很多科學領域正在致力于有組織有計劃的交流活動，與國內外的研究性大學締結合作協(xié)定。與世界各國的學術機構進行信息，人員的交流越來越多。比如，京都大學已成為21世紀COE項目的高新技術研究中心，正與海外的一流學者進行交流。在自然科學，工程學，農學以及經濟學等研究領域，通過與日本國際協(xié)力機構(JICA)，日本國際協(xié)力銀行(JBIC)以及其他機構的合作對發(fā)展中國家進行大力援助。去年，和聯(lián)合國教科文組織(UNESCO)簽訂了協(xié)定對山體滑坡?lián)p害方面的專家進行培訓，并對相關研究進行支持援助。作為阿富汗重建家園支援計劃的一部分，喀布爾大學醫(yī)學部教師培訓項目正在啟動。

京都大學國際教育項目(KUINEP)是京都大學學生交流計劃項目之一，該項目為半年或一年的英語講座，涉及生命科學，環(huán)境科學研究，生物技術，統(tǒng)計學，物理學，經濟學，信息科學，政治學，社會科學和藝術。此外雙向的技術交流一直不斷地在進行。京都大學與環(huán)太平洋大學聯(lián)盟(APRU)，東亞研究型大學協(xié)會(AEARU)等國際性技術機構組織建立了緊密的聯(lián)系。從而在該地區(qū)內建立了多邊的國際交流。京都大學的許多最新研究成果都已經被廣泛地介紹到國外，在海外還主辦了“京都大學國際論壇”，旨在通過與一流研究者的討論擴大研究信息的雙向交流。這些研討會使參與者在信息科學，經濟學，能源科學和心理學等領域從美國，英國和加拿大獲得了寶貴的經驗。

目前，京都大學正在計劃為京都大學和世界各地的研究者和學生建立科學中心，旨在拓寬知識，探討和世界交流的新途徑。